克利奥帕特拉二世在公元前115年4月前去世，此时克利奥帕特拉三世成为政府中的主导力量。
托勒密九世被迫与其姊妹妻克利奥帕特拉四世（cleopatra IV）离婚，克利奥帕特拉四世随后嫁给了她的堂兄、塞琉古国王安条克九世（Antiochus Ix，统治时期115–95 bc），其母克利奥帕特拉·提亚（cleopatra thea）是克利奥帕特拉三世的姐妹。
安条克九世当时正与其同父异母兄弟安条克八世（Antiochus VIII，统治时期125–96 bc）交战，而安条克八世的妻子是克利奥帕特拉四世的姐姐特莱菲娜（tryphaena）。
在前往与安条克九世会合的途中，克利奥帕特拉四世在塞浦路斯（cyprus）停留，招募了一支军队并控制了塞浦路斯舰队，以支援安条克九世。
正因如此，在公元前114\/113年，托勒密十世（ptolemy x）自称为“塞浦路斯之王”（King of cyprus），公开宣示对抗托勒密九世。
与此同时，托勒密九世迎娶了其妹妹克利奥帕特拉·塞勒涅（cleopatra Selene），并很快与她生下一女贝勒尼基三世（berenice III）。
克利奥帕特拉·塞勒涅并未与她的新丈夫共同担任共治者，这与传统做法有所不同。
在此期间的文献中，王室配偶为克利奥帕特拉三世和托勒密九世，他们被纳入托勒密王朝的宗教祭典中，作为“菲洛米特·索特神”（theoi philometores Soteres，即“爱母的救世神”）受到崇拜。
托勒密九世在安条克九世与安条克八世的冲突中支持安条克九世。
公元前114年，克利奥帕特拉四世被安条克八世的妻子特莱菲娜俘获并杀害，而安条克九世于公元前111年为此报复，杀死了特莱菲娜。
公元前109年，托勒密九世向安条克九世派遣了新部队，以协助他对抗哈斯蒙尼王朝（hasmonean）的犹太统治者海卡努斯一世（hyrcanus I）。
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公元前107年秋天，克利奥帕特拉三世与托勒密九世之间爆发了新的冲突。
保萨尼亚斯（pausanias）称，克利奥帕特拉三世刺伤了她的一些太监仆人，并将他们展示给民众，作为其子试图刺杀她的证据，导致亚历山大的民众暴动并将托勒密九世逐出城外。
在这一事件发生时，托勒密十世（ptolemy x）已离开塞浦路斯（cyprus），航行至佩鲁修姆（pelusium）。
克利奥帕特拉三世随后将他接至亚历山大，并将他立为自己的新共治者。
托勒密九世在逃离亚历山大时，将他的两个儿子留在了城内，同时也遗弃了克利奥帕特拉·塞勒涅（cleopatra Selene），后者似乎已经与托勒密十世成婚。
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托勒密九世被逐出亚历山大后，前往塞浦路斯（cyprus）岛。
那里，忠于克利奥帕特拉三世（cleopatra III）和托勒密十世（ptolemy x）的军队拒绝了他，迫使他撤退到塞琉西亚·皮埃里亚（Seleucia in pieria）。
从那里，他于公元前106年再次发动对塞浦路斯的入侵，并成功征服了该岛。
最初，他控制了基伦奈（cyrene），但在公元前105年之后，它似乎被他的同父异母兄弟托勒密·阿皮翁（ptolemy Apion）控制。
阿皮翁通过发布遗嘱保护了自己的地位，遗嘱中规定如果他无嗣而死，所有领土将归罗马（Rome），这种方法常被希腊化时期的国王用来防止对手篡位或刺杀。
然而，阿皮翁实际上在公元前96年无嗣去世，意味着罗马继承了这些领土。
公元前103年，哈斯莫尼王朝的新国王亚历山大·雅纳乌斯（Alexander Jannaeus）率军征服了托勒梅斯·阿科（ptolemais Akko）。
该城向托勒密九世求援，他赶来救援并迫使雅纳乌斯解除围城。
之后，他入侵加利利（Galilee），并在约旦河（River Jordan）附近的阿索丰（Asophon）战役中击败了雅纳乌斯，并在犹太（Judaea）肆意掠夺。
由于担心托勒密九世计划将犹太作为入侵埃及的跳板，克利奥帕特拉三世和托勒密十世自己也入侵了犹太。
托勒密十世先是通过海路入侵腓尼基（phoenicia），然后向内陆进军至大马士革（damascus），而克利奥帕特拉三世则围攻托勒梅斯·阿科。
托勒密九世试图绕过他们进入埃及，但托勒密十世及时赶回并阻止了他。
托勒密九世在加沙（Gaza）过了一个冬天，然后决定于公元前102年初返回塞浦路斯。
直到公元前 88 年，人们对他的活动一无所知。
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公元前88年春，亚历山大的军队和人民反对托勒密十世（ptolemy x），将他驱逐出埃及。
亚历山大人随后召回托勒密九世登基。
托勒密九世于11月在孟菲斯（memphis）正式重新加冕为法老。
在他的第一次统治期间，托勒密九世使用了“母爱救世主”（philometor Soter）这一称号，但在他回国后，舍弃了“母爱”（philometor）这一部分，因为它与他的母亲相关。
克利奥帕特拉三世和托勒密十世的崇拜和记忆似乎被正式抑制了。
当托勒密九世返回埃及时，埃及南部自公元前91年以来一直处于埃及叛军的控制之下。
托勒密九世在公元前88年11月派遣了一支由将军海拉克斯（hierax）指挥的大军向南进发。
底比斯（thebes）很快被重新夺回并遭到严重的洗劫。
托勒密王朝的控制恢复至菲莱（philae），但在叛乱期间由梅罗埃王国（kingdom of meroe）控制的下努比亚（Lower Nubia）并未重新夺回。
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在被亚历山大驱逐后，托勒密十世曾试图入侵塞浦路斯并重新夺回控制权，但在尝试中被杀。
在死之前，他曾向罗马共和国（Roman Republic）借了一笔大额贷款，并为此写下遗嘱，将他的王国遗赠给罗马。
虽然罗马人最终没有选择利用这一点，但罗马干预的可能性始终笼罩着托勒密九世的整个统治，迫使他在与罗马人打交道时采取了极为顺从的姿态。
公元前86年，一支由卢库卢斯（Lucullus）指挥的罗马舰队抵达亚历山大，寻求对抗本都（pontus）的米特里达梯六世（mithridates VI）财政和军事支持，罗马正与米特里达梯六世进行第一次米特里达梯战争（First mithridatic war，公元前89-84年）。
托勒密九世盛大地招待了卢库卢斯，但并未提供任何物质支持。
这很可能部分由于当时混乱的政治局势——罗马的战争努力由苏拉（Sulla）领导，但他已被卢修斯·科尔内利乌斯·辛纳（Lucius cornelius cinna）领导的罗马政府宣布为公敌。
此外，米特里达梯六世还设法抓住了托勒密的儿子们，他们自公元前103年以来一直在科斯岛（cos）上。
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公元前81年8月5日，托勒密九世任命他的女儿贝伦尼基三世（berenice III）为共治王，贝伦尼基三世曾是托勒密十世的妻子和共治王。
一些资料声称托勒密九世在其第二次登基的公元前88年便已将贝伦尼基三世任命为共治王，但所有文献证据表明，托勒密九世直到公元前81年才开始与她共同统治。
托勒密九世很快去世，可能是在同年的12月，留下贝伦尼基三世独自继承王位。
在几个月的单独统治后，她的表亲托勒密十一世（ptolemy xI）被立为共治王。
随后，贝伦尼基三世被暗杀，而托勒密十一世也被杀害。
最终，托勒密十二世（ptolemy xII）——托勒密九世的另一个孩子，继承了王位。
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