一个周末，柯南、灰原哀、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团受一位名叫远藤教授的邀请，前往深山里的一座木屋参加学术交流活动。远藤教授是一位知名的植物学家，他在深山中发现了一种罕见的植物，邀请了一些同行和朋友来共同探讨研究。
众人沿着蜿蜒的山路来到了木屋，这里四周被茂密的树林环绕，显得十分幽静。远藤教授热情地迎接了他们，并向大家介绍了其他几位客人，包括他的助手小林、植物学爱好者山本夫妇以及另外两位学者。
傍晚时分，大家一起在木屋的客厅里聊天交流，突然听到外面传来一阵惊叫声。柯南和其他人赶紧跑出去查看，发现一名女子倒在不远处的树林里，一动不动。走近一看，竟然是一具女尸，死者正是山本夫人。
山本先生悲痛欲绝，众人也都被这突如其来的变故惊呆了。柯南和灰原哀迅速冷静下来，开始查看现场。他们发现女尸身上没有明显的外伤，但面色青紫，似乎是中毒而亡。在女尸的旁边，有一个摔碎的杯子，里面残留着一些液体。
灰原哀推测杯子里的液体可能有毒，她小心地收集了一些样本，准备带回去让阿笠博士进行分析。柯南则仔细观察周围的环境，发现附近的草丛有被踩踏的痕迹，似乎有人在这里匆忙走过。
毛利小五郎也开始询问在场的人，大家都说在听到叫声之前没有发现任何异常。远藤教授表示，他一直在木屋里和大家聊天，没有离开过。小林助手也说自己一直在帮忙准备晚餐，没有注意到外面的情况。
柯南和灰原哀觉得事情没有那么简单，他们继续在周围寻找线索。在距离女尸不远处的一棵大树下，柯南发现了一个奇怪的脚印，这个脚印看起来不像是在场任何人的鞋子留下的。
随着调查的深入，他们还发现山本夫妇之间似乎存在一些矛盾。山本先生承认，最近他和妻子因为一些家庭问题一直在争吵，但他坚决否认自己与妻子的死有关。
就在大家毫无头绪的时候，灰原哀从阿笠博士那里得到了消息，杯子里的液体含有一种罕见的植物毒素，而这种植物正是远藤教授在深山中发现的那种。
柯南和灰原哀立刻意识到远藤教授可能与案件有关，他们再次对远藤教授进行了询问。在柯南的步步紧逼下，远藤教授终于露出了破绽。原来，远藤教授为了独占这种罕见植物的研究成果，想要除掉山本夫妇，因为山本夫妇也对这种植物感兴趣，并且可能会抢先发表研究成果。
远藤教授利用山本夫人对植物的好奇心，骗她喝下了含有毒素的液体，然后制造了意外死亡的假象。他以为自己的计划天衣无缝，却没想到被柯南和灰原哀识破。
案件真相大白，远藤教授被警方带走。柯南和灰原哀看着警车远去，心中感慨万千。他们知道，在追求科学和真理的道路上，不能被贪婪和欲望蒙蔽双眼，否则就会走上错误的道路。
在返回的路上，灰原哀望着车窗外的深山，对柯南说：“这个世界上，还有很多像远藤教授这样的人，为了自己的利益不择手段。我们要做的，就是守护好这份正义，不让更多的人受到伤害。”柯南坚定地点点头，说：“嗯，我会的，我们一起。”
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