罗伊斯离去时的狠话，终究成了预言。三年后，西洋诸国以贸易受阻为由，组成联合舰队陈兵东南沿海。更棘手的是，朝中部分大臣因曾与罗伊斯暗中往来，竟上书主张割地赔款，以保太平。
小燕子和尔泰虽已远离朝堂，却无法坐视不理。尔泰主动请缨，重披战甲奔赴前线；小燕子则留在京城，凭借在江湖与民间积累的人脉，组建了一支由商贾、侠客、能工巧匠构成的“民间后援团”。她广发英雄帖，召集精通机关术的能人异士，日夜改良火器，赶制战船图纸。
一日，小燕子在查看新制的连环弩时，发现图纸上的机关构造竟与罗伊斯带来的机械钟原理相通。她突然意识到，这些西洋人早在求亲时，就已在为侵略做准备。
就在战事胶着之际，京城突发瘟疫。太医院束手无策，谣言四起，称这是西洋人施的“诅咒”。小燕子不顾危险，带着民间医师深入疫区。在调查中，她发现瘟疫源头竟是城郊一口水井，水中检测出西洋特有的药草成分——有人蓄意投毒！
追踪线索时，小燕子与神秘黑衣人狭路相逢。交手间，她扯下对方面罩，赫然是个西洋面孔的传教士。严刑逼供下得知，此人是罗伊斯安插的暗桩，投毒意在扰乱后方，配合前线进攻。而更令人心惊的是，朝中那位主张议和的大臣，竟是这场阴谋的内应。
尔泰在前线遭遇敌军新式战舰，炮火凶猛，清军节节败退。关键时刻，小燕子带着改良后的火器与战船设计图亲临战场。她与尔泰并肩站在船头，指挥舰队以灵活阵型穿插敌阵，新式连环弩与火炮齐发，打得联军措手不及。
罗伊斯亲自登上旗舰督战，看到船头的小燕子时，目眦欲裂：“宁燕公主，你以为凭这些小把戏就能赢？”话音未落，小燕子却露出狡黠笑容：“王子殿下，你漏算了一件事——民心。”
随着信号烟花升空，无数民间商船突然从海岸线冲出，船上装满易燃物。这些由渔民、商贾自发组成的“火船队”，借着风向冲向联军舰队。熊熊烈火中，罗伊斯的旗舰轰然爆炸，他在火光中不甘地咆哮，最终葬身火海。
战争结束后，那位通敌大臣被绳之以法，朝中风气为之一振。小燕子和尔泰因战功显赫，获赐“护国柱石”金匾，但他们婉拒了更多赏赐，只愿继续投身民间建设。
他们在沿海开设造船厂，引进西方技术；在京城建立“万国书院”，培养精通外语与科技的人才。苏日娜也带着蒙古商队前来合作，草原的骏马、江南的丝绸、西洋的钟表，在他们搭建的贸易之路上往来不绝。
数十年后，白发的小燕子倚在摇椅上，翻看孩子们编纂的《通商志》。书中详细记载着大清与诸国的贸易往来、文化交流，还有那句她常说的话：“关起门来只会挨打，敞开心扉才能共赢。”
尔泰端着茶走来，将毯子轻轻盖在她腿上。远处，万国书院的学子们正在演练新式火器，笑声与讨论声随风飘来。小燕子握住他的手，目光望向天际：“你说，罗伊斯若还活着，看到如今的大清，会作何感想？”
尔泰笑着将她揽入怀中：“管他作何感想，我们守好了想守的人，建成了想建的太平盛世，便已不负此生。”
夕阳西下，余晖为这对携手走过风雨的爱侣镀上金边。他们的故事，如同书页间夹着的那朵干花，虽历经岁月，却依旧芬芳，在历史的长卷中，绽放着永不褪色的光芒。
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