- 第1章 异界转生
- 第2章 抵达真新镇
- 第3章 落脚真新镇
- 第4章 成长与蜕变，虚拟与现实
- 第5章 先走一步
- 第6章 冒险前的准备
- 第7章 狼狈的小智
- 第8章 再战火箭队
- 第9章 毅力非凡的独角虫与武士少年
- 第10章 大针蜂群的袭击与新伙伴
- 第11集 抵达尼比市
- 第12集 特训，大针蜂
- 第13章 灰色徽章
- 第14章 月见山
- 第15章 抵达华蓝市
- 第16章 蓝色徽章
- 第17章 野兽使小明
- 第18集 神奇宝贝必胜指南
- 第19集神奇宝贝乡的妙蛙种子（上）
- 第20章 神奇宝贝乡的妙蛙种子（下）
- 第21章 走失的小火龙
- 第22章 收服小火龙
- 第23章 杰尼龟军团
- 第24集 正辉灯塔
- 第25集 抵达枯叶市
- 第26章 寻找火之石
- 第27章 进化，风速狗
- 第28章 神奇宝贝漂流记
- 第29章 神奇宝贝漂流记（二）
- 第30章 蓝普鲁奇的度假日（上）
- 第31章 蓝普鲁奇的度假日（下）
- 第32章 玛瑙水母和毒刺水母
- 第33章 少女峡
- 第34章 巴大蝴，再见
- 第35集短暂的告别
- 第36章 暂缓旅途
- 第37章 重逢，出发！目标彩虹市！
- 第38章 收服火暴猴的小智
- 第39章 抵达彩虹市
- 第40章 彩虹道馆的火灾
- 第41章 引梦貘人（上）
- 第42章 引梦貘人（下）
- 第43章 饲育家之街
- 第44章 偏离命运的轨迹，百货商场大采购
- 第45章 老实人与谋略家
- 第46章 新伙伴，最弱小的精灵
- 第47章 格斗神奇宝贝大决斗
- 第48章 黑云市，臭气熏天
- 第49章 他到底想干嘛？
- 第50章 地鼠灾